Thủ tục hoàn thuế giá trị gia tăng mới nhất năm 2017

Thủ tục hồ sơ hoàn thuế GTGT mới nhất năm 2017, các trường hợp được hoàn thuế GTGT, Điều kiện hoàn thuế GTGT theo Thông tư 130/2016/TT-BTC, Thông tư 99/2016/TT-BTC và Thông tư 156/2013/TT-BTC, 219/2013/TT-BTC.

Điều kiện hoàn thuế GTGT.

- Phải là cơ sở kinh doanh nộp thuế theo phương pháp khấu trừ,
- Đã được cấp giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp hoặc giấy phép đầu tư (giấy phép hành nghề) hoặc quyết định thành lập của cơ quan có thẩm quyền,
- Có con dấu theo đúng quy định của pháp luật,
- Lập và lưu giữ sổ kế toán, chứng từ kế toán theo quy định của pháp luật về kế toán;
- Có tài khoản tiền gửi tại ngân hàng theo mã số thuế của cơ sở kinh doanh.

(Theo điều 19 Thông tư 219/2013/TT-BTC)

CÁC TRƯỜNG HỢP ĐƯỢC HOÀN THUẾ GTGT:

Theo Khoản 3 Điều 1 Thông tư 130/2016/TT-BTC (có hiệu lực từ ngày 1/7/2016)

1. Cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế nếu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng (đối với trường hợp kê khai theo tháng) hoặc trong quý (đối với trường hợp kê khai theo quý) thì được khấu trừ vào kỳ tiếp theo.

- Trường hợp cơ sở kinh doanh có số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết phát sinh trước kỳ tính thuế tháng 7/2016 (đối với trường hợp kê khai theo tháng) hoặc trước kỳ tính thuế quý 3/2016 (đối với trường hợp kê khai theo quý) đủ điều kiện hoàn thuế GTGT theo hướng dẫn tại khoản 1 Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC thì cơ quan thuế giải quyết hoàn thuế theo quy định của pháp luật.

Ví dụ: Doanh nghiệp A thực hiện khai thuế GTGT theo quý, tại kỳ tính thuế quý 3/2016 có số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết là 80 triệu thì doanh nghiệp A được khấu trừ vào kỳ tính thuế quý 4/2016. Trường hợp các kỳ tính thuế quý 4/2016, quý 1/2017 và quý 2/2017 vẫn còn số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết thì doanh nghiệp A chuyển số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết để tiếp tục khấu trừ tại kỳ tính thuế quý 3/2017 và các kỳ tính thuế tiếp theo.

2. Cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư đã đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ, hoặc dự án tìm kiếm thăm dò và phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, nếu thời gian đầu tư từ 01 năm trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho đầu tư theo từng năm, trừ trường hợp hướng dẫn tại điểm c Khoản 3 Điều này. Trường hợp, nếu số thuế giá trị gia tăng lũy kế của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng.

3. Hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư

a) Cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư (trừ trường hợp hướng dẫn tại điểm c Khoản 3 Điều này và trừ dự án đầu tư xây dựng nhà để bán hoặc cho thuê mà không hình thành tài sản cố định) cùng tỉnh, thành phố, đang trong giai đoạn đầu tư thì cơ sở kinh doanh thực hiện kê khai riêng đối với dự án đầu tư và phải kết chuyển thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư để bù trừ với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện. Số thuế GTGT được kết chuyển của dự án đầu tư tối đa bằng số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh trong kỳ của cơ sở kinh doanh.

- Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.

- Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mà chưa được khấu trừ hết nhỏ hơn 300 triệu đồng thì kết chuyển vào số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư của kỳ kê khai tiếp theo.

Ví dụ: Công ty A có trụ sở chính tại Hà Nội, tháng 7/2016, Công ty có dự án đầu tư tại Hà Nội, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, Công ty A thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này. Tháng 8/2016, số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng; số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 900 triệu đồng. Công ty A phải bù trừ 500 triệu đồng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (900 triệu đồng), vậy số thuế GTGT mà Công ty A còn phải nộp trong kỳ tính thuế tháng 8/2016 là 400 triệu đồng.

Ví dụ: Công ty B có trụ sở chính tại Hải Phòng, tháng 7/2016, Công ty có dự án đầu tư tại Hải Phòng, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, Công ty B thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này. Tháng 8/2016, số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng; số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 200 triệu đồng. Công ty B phải bù trừ 200 triệu đồng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (200 triệu đồng). Vậy, kỳ tính thuế tháng 8/2016 Công ty B có số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết là 300 triệu đồng. Công ty B được xét hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.

Ví dụ: Công ty C có trụ sở chính tại thành phố Hồ Chí Minh, tháng 7/2016, Công ty có dự án đầu tư tại thành phố Hồ Chí Minh, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, Công ty C thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này. Tháng 8/2016, số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng; số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 300 triệu đồng. Công ty C phải bù trừ 300 triệu đồng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (300 triệu đồng). Vậy, kỳ tính thuế tháng 8/2016 Công ty C có số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết là 200 triệu đồng. Công ty C không thuộc trường hợp được xét hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư, Công ty C thực hiện kết chuyển 200 triệu đồng vào số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư của kỳ kê khai tháng 9/2016.

Ví dụ: Công ty D có trụ sở chính tại thành phố Đà Nẵng, tháng 7/2016, Công ty có dự án đầu tư tại thành phố Đà Nẵng, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, Công ty D thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này. Tháng 8/2016, số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng; số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 100 triệu đồng. Vậy, tại kỳ tính thuế tháng 8/2016, số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư (500 triệu đồng) thuộc trường hợp được xét hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư, số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (100 triệu đồng) thì được khấu trừ vào kỳ tính thuế tháng 9/2016.

b) Trường hợp cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới (trừ trường hợp hướng dẫn tại điểm c Khoản 3 Điều này và trừ dự án đầu tư xây dựng nhà để bán hoặc cho thuê mà không hình thành tài sản cố định) tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế thì cơ sở kinh doanh lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư đồng thời phải kết chuyển thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư để bù trừ với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện. Số thuế GTGT được kết chuyển của dự án đầu tư tối đa bằng số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh trong kỳ của cơ sở kinh doanh.

- Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.

- Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết nhỏ hơn 300 triệu đồng thì kết chuyển vào số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư của kỳ kê khai tiếp theo.

Trường hợp cơ sở kinh doanh có quyết định thành lập các Ban Quản lý dự án hoặc chi nhánh đóng tại các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính để thay mặt người nộp thuế trực tiếp quản lý một hoặc nhiều dự án đầu tư tại nhiều địa phương; Ban Quản lý dự án, chi nhánh có con dấu theo quy định của pháp luật, lưu giữ sổ sách chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, có tài khoản gửi tại ngân hàng, đã đăng ký thuế và được cấp mã số thuế thì Ban Quản lý dự án, chi nhánh phải lập hồ sơ khai thuế, hoàn thuế riêng với cơ quan thuế địa phương nơi đăng ký thuế. Khi dự án đầu tư để thành lập doanh nghiệp đã hoàn thành và hoàn tất các thủ tục về đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế, cơ sở kinh doanh là chủ dự án đầu tư phải tổng hợp số thuế giá trị gia tăng phát sinh, số thuế giá trị gia tăng đã hoàn, số thuế giá trị gia tăng chưa được hoàn của dự án để bàn giao cho doanh nghiệp mới thành lập để doanh nghiệp mới thực hiện kê khai, nộp thuế.

Dự án đầu tư được hoàn thuế GTGT theo quy định tại khoản 2, khoản 3 Điều này là dự án đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư.

Ví dụ: Công ty A có trụ sở chính tại Hà Nội, tháng 7/2016, Công ty có dự án đầu tư mới tại Hưng Yên, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, Công ty A thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này tại Hà Nội trên Tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư. Tháng 8/2016, số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng; số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 900 triệu đồng. Công ty A phải bù trừ 500 triệu đồng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (900 triệu đồng), vậy Công ty A còn phải nộp trong kỳ tính thuế tháng 8/2016 là 400 triệu đồng.

Ví dụ: Công ty B có trụ sở chính tại Hải Phòng, tháng 7/2016, Công ty có dự án đầu tư mới tại Thái Bình, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, Công ty B thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này tại Hải Phòng trên Tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư. Tháng 8/2016, số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng; số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 200 triệu đồng. Công ty B phải bù trừ 200 triệu đồng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (200 triệu đồng). Vậy, kỳ tính thuế tháng 8/2016 Công ty B có số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết là 300 triệu đồng. Công ty B được xét hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.

Ví dụ: Công ty C có trụ sở chính tại thành phố Hồ Chí Minh, tháng 7/2016, Công ty có dự án đầu tư mới tại Đồng Nai, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, Công ty C thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này tại TP. Hồ Chí Minh trên Tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư. Tháng 8/2016, số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng; số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 300 triệu đồng. Công ty C phải bù trừ 300 triệu đồng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (300 triệu đồng). Vậy, kỳ tính thuế tháng 8/2016 Công ty C có số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết là 200 triệu đồng. Công ty C không thuộc trường hợp được xét hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư, Công ty C thực hiện kết chuyển 200 triệu đồng vào số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư của kỳ kê khai tháng 9/2016.

Ví dụ: Công ty D có trụ sở chính tại thành phố Đà Nẵng, tháng 7/2016, Công ty có dự án đầu tư mới tại Quảng Nam, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, Công ty D thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này tại thành phố Đà Nẵng trên Tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư. Tháng 8/2016, số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng; số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 100 triệu đồng. Vậy, tại kỳ tính thuế tháng 8/2016, số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư (500 triệu đồng) thuộc trường hợp được xét hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư, số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (100 triệu đồng) thì được khấu trừ vào kỳ tính thuế tháng 9/2016.

c) Cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế giá trị gia tăng mà được kết chuyển số thuế chưa được khấu trừ của dự án đầu tư theo pháp luật về đầu tư sang kỳ tiếp theo đối với các trường hợp:

c.1) Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh không góp đủ số vốn điều lệ như đã đăng ký theo quy định của pháp luật. Các hồ sơ đề nghị hoàn thuế dự án đầu tư nộp từ ngày 01/7/2016 của cơ sở kinh doanh nhưng tính đến ngày nộp hồ sơ không góp đủ số vốn điều lệ như đăng ký theo quy định của pháp luật thì không được hoàn thuế.

c.2) Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện khi chưa đủ các điều kiện kinh doanh theo quy định của Luật đầu tư là dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện nhưng cơ sở kinh doanh chưa được cấp giấy phép kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện; chưa được cấp giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện; chưa có văn bản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền cho phép đầu tư kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện; hoặc chưa đáp ứng được điều kiện để thực hiện đầu tư kinh doanh có điều kiện mà không cần phải có xác nhận, chấp thuận dưới hình thức văn bản theo quy định của pháp luật về đầu tư.

c.3) Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện không bảo đảm duy trì đủ điều kiện kinh doanh trong quá trình hoạt động là dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện nhưng trong quá trình hoạt động cơ sở kinh doanh bị thu hồi giấy phép kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện; bị thu hồi giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện; bị thu hồi văn bản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền về đầu tư kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện; hoặc trong quá trình hoạt động cơ sở kinh doanh không đáp ứng được điều kiện để thực hiện đầu tư kinh doanh có điều kiện theo quy định của pháp luật về đầu tư thì thời điểm không hoàn thuế giá trị gia tăng được tính từ thời điểm cơ sở kinh doanh bị thu hồi một trong các loại giấy tờ nêu trên hoặc từ thời điểm cơ quan nhà nước có thẩm quyền kiểm tra, phát hiện cơ sở kinh doanh không đáp ứng được các điều kiện về đầu tư kinh doanh có điều kiện.

c.4) Dự án đầu tư khai thác tài nguyên, khoáng sản được cấp phép từ ngày 01/7/2016 hoặc dự án đầu tư sản xuất sản phẩm hàng hóa mà tổng trị giá tài nguyên, khoáng sản cộng với chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản phẩm trở lên theo dự án đầu tư.

Việc xác định tài nguyên, khoáng sản; trị giá tài nguyên, khoáng sản và thời điểm xác định trị giá tài nguyên, khoáng sản và chi phí năng lượng thực hiện theo hướng dẫn tại khoản 23 Điều 4 Thông tư này.

4. Hoàn thuế đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu

a) Cơ sở kinh doanh trong tháng (đối với trường hợp kê khai theo tháng), quý (đối với trường hợp kê khai theo quý) có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng theo tháng, quý; trường hợp trong tháng, quý số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ chưa đủ 300 triệu đồng thì được khấu trừ vào tháng, quý tiếp theo.

- Cơ sở kinh doanh trong tháng/quý vừa có hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu, vừa có hàng hoá, dịch vụ bán trong nước thì cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng số thuế GTGT đầu vào sử dụng cho sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu. Trường hợp không hạch toán riêng được thì số thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu được xác định theo tỷ lệ giữa doanh thu của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu trên tổng doanh thu hàng hóa, dịch vụ của các kỳ khai thuế giá trị gia tăng tính từ kỳ khai thuế tiếp theo kỳ hoàn thuế liền trước đến kỳ đề nghị hoàn thuế hiện tại.

- Số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu (bao gồm số thuế GTGT đầu vào hạch toán riêng được và số thuế GTGT đầu vào được phân bổ theo tỷ lệ nêu trên) nếu sau khi bù trừ với số thuế GTGT phải nộp của hàng hóa, dịch vụ tiêu thụ trong nước còn lại từ 300 triệu đồng trở lên thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế cho hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu. Số thuế GTGT được hoàn của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu không vượt quá doanh thu của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu nhân (x) với 10%.

- Đối tượng được hoàn thuế trong một số trường hợp xuất khẩu như sau: Đối với trường hợp ủy thác xuất khẩu, là cơ sở có hàng hóa ủy thác xuất khẩu; đối với gia công chuyển tiếp, là cơ sở ký hợp đồng gia công xuất khẩu với phía nước ngoài; đối với hàng hóa xuất khẩu để thực hiện công trình xây dựng ở nước ngoài, là doanh nghiệp có hàng hóa, vật tư xuất khẩu thực hiện công trình xây dựng ở nước ngoài; đối với hàng hóa xuất khẩu tại chỗ là cơ sở kinh doanh có hàng hóa xuất khẩu tại chỗ.

b) Cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế đối với trường hợp hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu, hàng hóa xuất khẩu không thực hiện việc xuất khẩu tại địa bàn hoạt động hải quan theo quy định của Luật Hải quan, Nghị định số 01/2015/NĐ-CP ngày 02/01/2015 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành phạm vi địa bàn hoạt động hải quan, trách nhiệm phối hợp trong phòng, chống buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới và các văn bản hướng dẫn.

Ví dụ: Công ty thương mại A nhập khẩu 500 chiếc điều hòa từ Nhật Bản và đã nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu. Sau đó Công ty thương mại A xuất khẩu 500 chiếc điều hòa này sang Campuchia thì Công ty thương mại A không phải tính thuế GTGT đầu ra, số thuế GTGT của 500 chiếc điều hòa này đã nộp ở khâu nhập khẩu và thuế GTGT đầu vào của dịch vụ vận chuyển, lưu kho không được hoàn thuế mà thực hiện khấu trừ.

Ví dụ: Công ty TNHH sản xuất và thương mại B xuất khẩu tinh bột sắn sang Trung Quốc qua đường mòn, lối mở không thuộc địa bàn hoạt động hải quan thì Công ty TNHH sản xuất và thương mại B không được hoàn thuế GTGT đối với tinh bột sắn xuất khẩu.

c) Cơ quan thuế thực hiện hoàn thuế trước, kiểm tra sau đối với người nộp thuế sản xuất hàng hóa xuất khẩu không bị xử lý đối với hành vi buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới, trốn thuế, gian lận thuế, gian lận thương mại trong thời gian hai năm liên tục; người nộp thuế không thuộc đối tượng rủi ro cao theo quy định của Luật quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành.

Ví dụ: Tháng 9/2016, Công ty C đề nghị hoàn thuế GTGT đối với hàng xuất khẩu sang HongKong. Tháng 6/2015, Công ty C đã bị xử lý vi phạm pháp luật về thuế đối với hành vi trốn thuế. Cơ quan thuế thực hiện kiểm tra trước khi hoàn thuế đối với đề nghị hoàn thuế của Công ty C.

5. Cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế được hoàn thuế giá trị gia tăng khi chuyển đổi sở hữu, chuyển đổi doanh nghiệp, sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động có số thuế giá trị gia tăng nộp thừa hoặc số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết.

Cơ sở kinh doanh trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động sản xuất kinh doanh nhưng phải giải thể, phá sản hoặc chấm dứt hoạt động chưa phát sinh thuế giá trị gia tăng đầu ra của hoạt động kinh doanh chính theo dự án đầu tư thì chưa phải điều chỉnh lại số thuế giá trị gia tăng đã kê khai, khấu trừ hoặc đã được hoàn. Cơ sở kinh doanh phải thông báo với cơ quan thuế quản lý trực tiếp về việc giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động theo quy định.

Trường hợp cơ sở kinh doanh sau khi làm đầy đủ thủ tục theo quy định của pháp luật về giải thể, phá sản thì đối với số thuế GTGT đã được hoàn thực hiện theo quy định của pháp luật về giải thể, phá sản và quản lý thuế; đối với số thuế GTGT chưa được hoàn thì không được giải quyết hoàn thuế.

Trường hợp cơ sở kinh doanh chấm dứt hoạt động và không phát sinh thuế GTGT đầu ra của hoạt động kinh doanh chính thì phải nộp lại số thuế đã được hoàn vào ngân sách nhà nước. Trường hợp có phát sinh bán tài sản chịu thuế GTGT thì không phải điều chỉnh lại số thuế GTGT đầu vào tương ứng của tài sản bán ra.

Ví dụ: Năm 2015, doanh nghiệp A trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động sản xuất kinh doanh, doanh nghiệp A có phát sinh số thuế GTGT đầu vào của giai đoạn đầu tư đã được cơ quan thuế hoàn trong tháng 8/2015 là 700 triệu đồng. Do khó khăn, tháng 2/2016 doanh nghiệp A quyết định giải thể và có văn bản gửi cơ quan thuế về việc sẽ giải thể thì trong giai đoạn doanh nghiệp A chưa hoàn thành thủ tục pháp lý để giải thể, cơ quan thuế chưa thu hồi lại thuế GTGT đã hoàn. Hai mươi ngày trước khi doanh nghiệp A có đủ thủ tục pháp lý để giải thể chính thức vào tháng 10/2016, doanh nghiệp thực hiện bán một (01) tài sản đã đầu tư thì doanh nghiệp A không phải điều chỉnh lại số thuế GTGT đầu vào tương ứng của tài sản bán ra (số thuế đã được cơ quan thuế hoàn). Đối với những tài sản không bán ra, doanh nghiệp A phải kê khai điều chỉnh để nộp lại số thuế GTGT đã được hoàn.

6. Hoàn thuế GTGT đối với các chương trình, dự án sử dụng nguồn vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA)không hoàn lại hoặc viện trợ không hoàn lại, viện trợ nhân đạo.

a) Đối với dự án sử dụng vốn ODA không hoàn lại: chủ chương trình, dự án hoặc nhà thầu chính, tổ chức do phía nhà tài trợ nước ngoài chỉ định việc quản lý chương trình, dự án được hoàn lại số thuế GTGT đã trả đối với hàng hoá, dịch vụ mua ở Việt Nam để sử dụng cho chương trình, dự án.

b) Tổ chức ở Việt Nam sử dụng tiền viện trợ nhân đạo của tổ chức, cá nhân nước ngoài để mua hàng hoá, dịch vụ phục vụ cho chương trình, dự án viện trợ không hoàn lại, viện trợ nhân đạo tại Việt Nam thì được hoàn thuế GTGT đã trả của hàng hoá, dịch vụ đó.

Ví dụ: Hội chữ thập đỏ được Tổ chức quốc tế viện trợ tiền để mua hàng viện trợ nhân đạo cho nhân dân các tỉnh bị thiên tai là 200 triệu đồng. Giá trị hàng mua chưa có thuế là 200 triệu đồng, thuế GTGT là 20 triệu đồng. Hội chữ thập đỏ sẽ được hoàn thuế theo quy định là 20 triệu đồng.

Việc hoàn thuế GTGT đã trả đối với các chương trình, dự án sử dụng nguồn vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA) không hoàn lại thực hiện theo hướng dẫn của Bộ Tài chính.

7. Đối tượng được hưởng quyền ưu đãi miễn trừ ngoại giao theo quy định của pháp luật về ưu đãi miễn trừ ngoại giao mua hàng hóa, dịch vụ tại Việt Nam để sử dụng được hoàn số thuế giá trị gia tăng đã trả ghi trên hoá đơn giá trị gia tăng hoặc trên chứng từ thanh toán ghi giá thanh toán đã có thuế giá trị gia tăng.

8. Người nước ngoài, người Việt Nam định cư ở nước ngoài mang hộ chiếu hoặc giấy tờ nhập cảnh do cơ quan có thẩm quyền nước ngoài cấp được hoàn thuế đối với hàng hoá mua tại Việt Nam mang theo người khi xuất cảnh. Việc hoàn thuế GTGT thực hiện theo hướng dẫn của Bộ Tài chính về hoàn thuế GTGT đối với hàng hoá của người nước ngoài, người Việt Nam định cư ở nước ngoài mua tại Việt Nam mang theo khi xuất cảnh.

9. Cơ sở kinh doanh có quyết định xử lý hoàn thuế của cơ quan có thẩm quyền theo quy định của pháp luật và trường hợp hoàn thuế giá trị gia tăng theo điều ước quốc tế mà Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên.”

Hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng gồm:

Theo điều 10 Thông tư 99/2016/TT-BTC ngày 29/6/2016 (có hiệu lực từ ngày 13/8/2016)

- Người nộp thuế được gửi hồ sơ hoàn thuế điện tử hoặc nộp trực tiếp tại cơ quan thuế hoặc gửi qua đường bưu chính.(gửi đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế)
         Chi nhánh, đơn vị phụ thuộc của người nộp thuế theo quy định tại Khoản 1 Điều 45 Luật Doanh nghiệp số 68/2014/QH13 và không phải là đơn vị kế toán lập báo cáo tài chính theo quy định tại Khoản 4 Điều 3 Luật Kế toán số 88/2015/QH13, khi đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng phải có văn bản ủy quyền của doanh nghiệp trụ sở chính theo quy định của pháp luật về uỷ quyền.

Hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng cụ thể như sau:

I. Hồ sơ hoàn thuế GTGT hàng xuất khẩu:

- Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu NSNN mẫu số 01/ĐNHT (ban hành kèm theo Thông tư 156/2013/TT-BTC).
- Hợp đồng mua bán, gia công, tờ khai hải quan, chứng từ thanh toán qua ngân hàng… Chi tiết xem tại đây nhé: Điều kiện khấu trừ thuế GTGT hàng xuất khẩu

II. Hồ sơ hoàn thuế GTGT dự án đầu tư:

- Giấy đề nghị hoàn trả Khoản thu ngân sách nhà nước mẫu 01/ĐNHT (ban hành kèm theo Thông tư 156/2013/TT-BTC).
- Tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư theo mẫu số 02/GTGT
- Bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa dịch vụ mua vào theo mẫu số 01-2/GTGT.

III. Hoàn thuế GTGT đối với dự án ODA:

1. Đối với Chủ dự án và Nhà thầu chính:

a) Nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT
- Chủ dự án ODA nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT gửi Cục Thuế quản lý trực tiếp địa bàn nơi thực hiện dự án vào bất kỳ thời điểm nào khi phát sinh số thuế GTGT đầu vào được hoàn trong thời gian thực hiện dự án; trường hợp dự án ODA có liên quan đến nhiều tỉnh thì hồ sơ hoàn thuế GTGT gửi Cục Thuế quản lý trực tiếp nơi chủ dự án đóng trụ sở chính.
- Nhà thầu nước ngoài thực hiện dự án ODA nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT gửi cơ quan thuế nơi nộp hồ sơ khai thuế.

b) Hồ sơ hoàn thuế GTGT
- Giấy đề nghị hoàn trả Khoản thu ngân sách nhà nước mẫu 01/ĐNHT (ban hành kèm theo Thông tư 156/2013/TT-BTC).
- Bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa dịch vụ mua vào mẫu số 01-1/ĐNHT ban hành kèm theo Thông tư 156;
- Quyết định của cấp có thẩm quyền về việc phê duyệt dự án sử dụng vốn ODA không hoàn lại, dự án sử dụng vốn ODA vay ưu đãi được ngân sách nhà nước cấp phát (bản chụp có đóng dấu và chữ ký xác nhận của người có thẩm quyền của dự án). Trường hợp hoàn thuế nhiều lần thì chỉ xuất trình lần đầu.
- Xác nhận của cơ quan chủ quản dự án ODA về hình thức cung cấp dự án ODA là ODA không hoàn lại hay ODA vay được ngân sách nhà nước cấp phát ưu đãi thuộc đối tượng được hoàn thuế giá trị gia tăng (bản chụp có xác nhận của cơ sở) và việc không được ngân sách nhà nước cấp vốn đối ứng để trả thuế giá trị gia tăng. Người nộp thuế chỉ phải nộp tài liệu này với hồ sơ hoàn thuế lần đầu của dự án.
- Trường hợp nhà thầu chính lập hồ sơ hoàn thuế thì ngoài những tài liệu nêu tại điểm này, còn phải có xác nhận của chủ dự án về việc dự án không được ngân sách nhà nước bố trí vốn đối ứng để thanh toán cho nhà thầu theo giá có thuế giá trị gia tăng; giá thanh toán theo kết quả thầu không có thuế giá trị gia tăng và đề nghị hoàn thuế cho nhà thầu chính.

2. Đối với Văn phòng đại diện nhà tài trợ dự án ODA
a) Nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT
Văn phòng đại diện nhà tài trợ dự án ODA thuộc diện được hoàn thuế GTGT nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT gửi Cục Thuế quản lý địa bàn nơi đặt văn phòng điều hành của dự án vào bất kỳ thời điểm nào khi phát sinh số thuế GTGT đầu vào được hoàn trong thời gian thực hiện dự án.

b) Hồ sơ hoàn thuế GTGT
- Giấy đề nghị hoàn trả Khoản thu ngân sách nhà nước mẫu 01/ĐNHT (ban hành kèm theo Thông tư 156/2013/TT-BTC).
- Bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa dịch vụ mua vào mẫu số 01-1/ĐNHT ban hành kèm theo Thông tư 156;
- Văn bản thỏa thuận giữa cơ quan nhà nước có thẩm quyền của Việt Nam với Nhà tài trợ về việc thành lập Văn phòng đại diện (bản chụp có xác nhận của Văn phòng).
- Văn bản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền về việc thành lập Văn phòng đại diện (bản chụp có xác nhận của Văn phòng).

IV. Hoàn thuế đối với tổ chức, cá nhân nước ngoài, tổ chức ở Việt Nam sử dụng tiền viện trợ nhân đạo, viện trợ không hoàn lại của nước ngoài mua hàng hoá, dịch vụ có thuế GTGT ở Việt Nam để viện trợ không hoàn lại, viện trợ nhân đạo.

1. Nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT
- Các tổ chức, cá nhân nêu trên nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT vào bất kỳ thời điểm nào khi phát sinh số thuế GTGT đầu vào được hoàn.

2. Hồ sơ hoàn thuế GTGT
- Giấy đề nghị hoàn trả Khoản thu ngân sách nhà nước mẫu 01/ĐNHT (ban hành kèm theo Thông tư 156/2013/TT-BTC).
- Bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa dịch vụ mua vào mẫu số 01-1/ĐNHT ban hành kèm theo Thông tư 156;
- Văn bản phê duyệt các khoản viện trợ của cấp có thẩm quyền (bản chụp có xác nhận của người nộp thuế);
- Văn bản xác nhận của Bộ Tài chính (đối với viện trợ nước ngoài thuộc nguồn thu ngân sách trung ương) hoặc của Sở Tài chính (đối với viện trợ nước ngoài thuộc nguồn thu ngân sách địa phương) về khoản tiền viện trợ của tổ chức phi chính phủ nước ngoài nêu rõ: tên tổ chức viện trợ, giá trị khoản viện trợ, cơ quan tiếp nhận, quản lý viện trợ.

V. Hoàn thuế GTGT đối với đối tượng hưởng ưu đãi miễn trừ ngoại giao.

1. Nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế và thủ tục giải quyết hồ sơ hoàn thuế GTGT
- Các Cơ quan đại diện thuộc đối tượng được hoàn thuế GTGT, trong vòng 10 (mười) ngày đầu của tháng đầu quý, lập hồ sơ đề nghị hoàn thuế của quý trước và gửi hồ sơ cho Cục Lễ tân nhà nước trực thuộc Bộ Ngoại giao để xác nhận hồ sơ hoàn thuế GTGT.
- Trong vòng 15 (mười lăm) ngày làm việc kể từ khi nhận đầy đủ hồ sơ, Cục Lễ tân nhà nước có trách nhiệm xem xét hồ sơ và xác nhận về đối tượng, danh mục và số lượng hàng hoá, dịch vụ được hoàn thuế GTGT. Sau khi Cục Lễ tân nhà nước đã có xác nhận hồ sơ hoàn thuế GTGT, Cục Lễ tân nhà nước chuyển hồ sơ cho Cục Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương giải quyết.
- Đối với trường hợp không thuộc đối tượng được hoàn thuế GTGT hoặc hồ sơ hoàn thuế GTGT được lập không đầy đủ, Cục Lễ tân nhà nước gửi trả hồ sơ hoàn thuế cho đối tượng hưởng ưu đãi miễn trừ ngoại giao trong vòng 05 (năm) ngày kể từ ngày nhận hồ sơ.

2. Hồ sơ hoàn thuế GTGT
- Giấy đề nghị hoàn trả Khoản thu ngân sách nhà nước mẫu 01/ĐNHT (ban hành kèm theo Thông tư 156/2013/TT-BTC) có xác nhận của Cục Lễ tân nhà nước trực thuộc Bộ Ngoại giao.
- Bảng kê thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào dùng cho cơ quan đại diện ngoại giao theo mẫu số 01-2/ĐNHT ban hành kèm theo Thông tư này và Bảng kê thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào dùng cho viên chức ngoại giao tại Việt Nam theo mẫu số 01-3/ĐNHT ban hành kèm theo Thông tư 156.
- Bản gốc kèm theo 02 (hai) bản chụp hóa đơn GTGT có đóng dấu của cơ quan đại diện. Cơ quan thuế sẽ trả lại các hóa đơn gốc cho cơ quan đại diện sau khi thực hiện hoàn thuế GTGT.

VI. Hoàn thuế theo Hiệp định tránh đánh thuế hai lần

1. Nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế
- Tổ chức, cá nhân nộp hồ sơ hoàn thuế theo Hiệp định tránh đánh thuế hai lần tại Cục Thuế quản lý địa bàn nơi tổ chức có trụ sở điều hành, nơi cá nhân có cơ sở thường trú hoặc tại Cục Thuế nơi tổ chức, cá nhân đã nộp số thuế đề nghị hoàn.

2. Hồ sơ hoàn thuế
Theo Khoản 13 Điều 2 Thông tư 26/2015/TT-BTC
- Giấy đề nghị hoàn thuế theo Hiệp định tránh đánh thuế hai lần theo mẫu số 02/ĐNHT ban hành kèm theo Thông tư 156.
- Bản gốc (hoặc bản chụp đã được chứng thực) Giấy chứng nhận cư trú do cơ quan thuế của nước cư trú cấp đã được hợp pháp hóa lãnh sự (ghi rõ là đối tượng cư trú trong năm tính thuế nào).
- Bản chụp hợp đồng kinh tế, hợp đồng cung cấp dịch vụ, hợp đồng đại lý, hợp đồng uỷ thác, hợp đồng chuyển giao công nghệ hay hợp đồng lao động ký với tổ chức, cá nhân Việt Nam, giấy chứng nhận tiền gửi tại Việt Nam, giấy chứng nhận góp vốn vào Công ty tại Việt Nam (tuỳ theo loại thu nhập trong từng trường hợp cụ thể) có xác nhận của người nộp thuế.
- Xác nhận của tổ chức, cá nhân Việt Nam ký kết hợp đồng về thời gian và tình hình hoạt động thực tế theo hợp đồng (trừ trường hợp hoàn thuế đối với hãng vận tải nước ngoài).
- Giấy ủy quyền trong trường hợp tổ chức, cá nhân uỷ quyền cho đại diện hợp pháp thực hiện thủ tục áp dụng Hiệp định. Trường hợp tổ chức, cá nhân lập giấy uỷ quyền để uỷ quyền cho đại diện hợp pháp thực hiện thủ tục hoàn thuế vào tài khoản của đối tượng khác cần thực hiện thủ tục hợp pháp hóa lãnh sự (nếu việc uỷ quyền được thực hiện ở nước ngoài) hoặc công chứng (nếu việc uỷ quyền được thực hiện tại Việt Nam) theo quy định.
- Trường hợp tổ chức, cá nhân không thể cung cấp đủ các thông tin hoặc các tài liệu theo yêu cầu của Hồ sơ hoàn thuế theo Hiệp định, đề nghị giải trình cụ thể tại Giấy đề nghị hoàn thuế theo Hiệp định mẫu số 02/ĐNHT nêu trên để cơ quan thuế xem xét, quyết định.”


VII. Hồ sơ hoàn thuế, phí nộp thừa đối với người nộp thuế sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chuyển đổi sở hữu, chấm dứt hoạt động

- Giấy đề nghị hoàn trả Khoản thu ngân sách nhà nước mẫu 01/ĐNHT (ban hành kèm theo Thông tư 156/2013/TT-BTC)
- Quyết định của cấp có thẩm quyền về việc sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chuyển đổi sở hữu, chấm dứt hoạt động;
- Hồ sơ quyết toán thuế hoặc hồ sơ khai thuế đến thời điểm sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chuyển đổi sở hữu, chấm dứt hoạt động.

VII. Hoàn thuế GTGT đối với thiết bị, máy móc, phương tiện vận tải chuyên dùng nằm trong dây chuyền công nghệ và vật tư xây dựng thuộc loại trong nước chưa sản xuất được cần nhập khẩu để tạo tài sản cố định của doanh nghiệp

1. Phạm vi áp dụng thực hiện theo hướng dẫn tại Điều 1 Thông tư số 92/2010/TT-BTC ngày 17/6/2010 của Bộ Tài chính hướng dẫn thủ tục gia hạn nộp thuế và hoàn thuế GTGT đối với thiết bị, máy móc, phương tiện vận tải chuyên dùng nằm trong dây chuyền công nghệ và vật tư xây dựng thuộc loại trong nước chưa sản xuất được cần nhập khẩu để tạo tài sản cố định của doanh nghiệp.
- Trường hợp cơ sở kinh doanh thành lập từ dự án đầu tư đang trong giai đoạn đầu tư nhưng chưa đi vào hoạt động, nếu có nhu cầu đề nghị hoàn thuế trước khi nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu hàng hóa thì thực hiện lập hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT riêng đối với hàng hóa nhập khẩu thuộc loại trong nước chưa sản xuất được nêu trên và kê khai vào hồ sơ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư theo quy định.
- Trường hợp cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư xây dựng dây chuyền sản xuất, đang trong giai đoạn đầu tư:
           + Đối với dự án đầu tư tại địa bàn cùng tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương nơi đóng trụ sở chính thì cơ sở kinh doanh phải kê khai bù trừ số thuế GTGT hàng hóa nhập khẩu thuộc loại trong nước chưa sản xuất được nêu trên cùng với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện. Trường hợp sau khi bù trừ nếu có số thuế GTGT hàng hóa nhập khẩu thuộc loại trong nước chưa sản xuất được nêu trên mà chưa được khấu trừ hết thì được hoàn thuế theo dự án đầu tư.
           + Đối với dự án đầu tư tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, nếu có nhu cầu đề nghị hoàn thuế trước khi nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu hàng hóa thì thực hiện lập hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT riêng đối với hàng hóa nhập khẩu thuộc loại trong nước chưa sản xuất được nêu trên và kê khai vào hồ sơ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư theo quy định.

2. Hồ sơ hoàn thuế
- Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu Ngân sách nhà nước theo mẫu số 01/ĐNHT ban hành kèm theo Thông tư 156, trong đó ghi rõ số thuế GTGT hàng nhập khẩu của thiết bị, máy móc, phương tiện vận tải chuyên dùng nằm trong dây chuyền công nghệ và vật tư xây dựng thuộc loại trong nước chưa sản xuất được cần nhập khẩu để tạo tài sản cố định của doanh nghiệp và cam kết của doanh nghiệp.
- Bảng kê hồ sơ hàng hóa nhập khẩu theo mẫu số 01-4/ĐNHT ban hành kèm theo Thông tư 156.

Chú ý: Tùy từng chi cục thuế mà có thể sẽ yêu cầu thêm các giấy tờ khác, nên các bạn có thể liên hệ với chi cục thuế quản lý DN các bạn nhé.